Program pendidikan Pondok Pesantren Al Faruq As Salafy Li Tahfizhil Quran Purwokerto sesungguhnya mengacu kepada metode pondok tradisional yang mengikat pengajarannya dengan kitab-kitab kuning. Program utama yaitu Tahfizh al-Quran. Sebuah pendidikan yang fokus pada hafalan dan baca al-Quran disertai dengan pemahaman Salafush Sholih.

Untuk mewujudkan tujuan-tujuan di atas Pondok Pesantren Al Faruq As Salafy Li Tahfizhil Quran Purwokerto membagi pembelajaran dalam beberapa jenjang  pendidikan , yaitu :

  • Jenjang Tarbiyatul Aulad

Jenjang ini merupakan jenjang pendidikan bagi anak-anak usia  5–7 tahun dengan lama pendidikan 2 tahun. Pembelajaran pada marhalah ini membaca dan menulis Al Qur’an serta Latin. Pelajaran penunjang lainnya seperti pengenalan Aqidah, Fikih,  do’a- do’a, berhitung dan Ke-TK-an. (santri tidak menginap)

  • Jenjang Ibtidaiyah

Jenjang Ibtidaiyyah merupakan jenjang pendikan diperuntukkan bagi anak-anak usia SD/MI antara 7 – 12 tahun dengan lama pendidikan 6 tahun. Program ini menitikberatkan pada Ilmu-Ilmu Al-Quran dasar dan hafalan al-Quran, serta ilmu diiniyah dan juga  pelajaran unum sebagai bekal pengetahuan anak.. (santri tidak menginap)

  • Jenjang Mutawassithah

Jenjang Mutawassithoh merupakan jenjang pendidikan lanjutan setingkat SMP/MTS  yang diselenggarakan secara klasikal selama 3 tahun. Program ini menitikberatkan pada kemampuan Tahfizhul Qur’an.  Dalam program ini pula diberikan pelajaran diniyah seperti Bahasa Arab, , Aqidah, Fiqih, Hadits, Tafsir dan juga pelajaran lainnya yang menunjang terkait tahfizhul qur’an dan kemampuan diniyah.. (santri wajib menginap)

  • Jenjang Ta’limul Lughah

Jenjang ini merupakan lanjutan dari  Jenjang Mutawassithoh untuk medalami ilmu bahasa Arab. Program ini diharapkan bisa mempersiapkan kemampuan bahasa arab sebagai bekal untuk masuk ke Marhalah Aliyah.  Lama program ini adalah satu tahun. (Pada marrhalah TL ini disediakan Program  tambahan  Tahfidz bagi santri yang memiliki Hafalan mutqin minimal  20 Juz. Diharapkan dalam program ini santri bisa menyelesaikan hafalannya 30 juz secara sempurna)

  • Jenjang Aliyah

Jenjang ini merupakan lanjutan dari  Jenjang Ta’limu Lughoh dengan lama penddidikan 3 tahun. Dalam program ini mendalami ilmu–ilmu dasar diniyah dan kitab – kitab syarah. (santri wajib menginap).

  • Jenjang Jamiah

Jenjang ini merupakan program lanjutan dari Jenjang Aliyah dengan lama pendidikan selama 4 tahun, yang terbagi menjadi tahun pertama belajar Al qur’an (Qiro’ah dan Tajwid), tahun kedua dan ketiga belajar ilmu Diniyah kemudian tahun keempat membuat Karya Tulis dan KKN. Pada Marhalah Jami’ah  disediakan program untuk mengambil Sanad Al Qur’an mulai tahun kedua bagi mahasantri yang  memiliki hafalan 30 juz dan lulus seleksi Qiro’ah.